A második évadban, amely körülbelül 18 hónappal az első után játszódik, Jacknek lánya, Kim elhidegülésével kell megbirkóznia, aki Jack veszélyes hivatását okolja anyja, Teri halála miatt. Jack már nem dolgozik a CTU-nak, de miután a Fehér Ház tudomást szerez egy, a nap folyamán Los Angeles felett felrobbantandó atombombáról, David Palmer elnök Jackre számít, mint az egyetlen emberre, akiben bízhat, hogy megtalálja és megállítja a bombát birtokló terrorista sejtet.